南北朝时期，儒学有南学与北学之分。“南北所治，章句好尚，互有不同”。南方儒士大多濡染玄风，注重探寻玄学义理；北学严守汉儒传统，注重名物训诂。
南、北儒士研习经书，偏重不同的注本（对儒家经典的注释本）。以《左传》为例，南朝流行“杜预注本”，北朝流行“服虔注本”。然而，南梁崔灵恩常引用“服虔注本”来诘难“杜预注本”，引领论辩之风。北魏有名儒“兼读杜、服，隐括（修订）两家，异同悉举”。这一时期，南北政权常互派使节，他们也往往借机相互考校儒学。
隋灭陈后，将大量士人迁至北方。隋炀帝大举征召儒生，“使相与讲论得失于东都（洛阳）之下”，胜出者多为南方儒士。其后他们大多在北方活动和授徒。唐初，“四方儒士，多抱负典籍，云会京师”。唐太宗下诏统一五经文本和注释。孔颖达兼采南北，撰成《五经正义》，高宗时颁行全国，成为官方经学定本。