中华民族在历史上创造出了悠久灿烂的文明，但是某些学者依据西方文明标准，质疑中华五千年文明史的可靠性。“中华文明探源工程”以考古调查发掘为主要手段，以现代科学技术为支撑，采取多学科交叉研究的方式，揭示中华民族五千年文明起源与早期发展。经过接续努力，中华文明探源工程对中华文明的起源、形成、发展的历史脉络，对中华文明多元一体格局的形成和发展过程，对中华文明的特点及其形成原因等，都有了较为清晰的认识，实证了我国百万年的人类史、一万年的文化史、五千多年的文明史。中华文明探源工程还提出文明定义和认定进入文明社会的中国方案，为世界文明起源研究作出了原创性贡献。
对文明起源和形成的探究是一个既复杂又漫长的系统工程，需要把考古探索和文献研究同自然科学技术手段有机结合起来，用生物学、分子生物学、化学、地学、物理学等学科的最新技术分析我国古代遗存，密切考古学和历史学、人文科学和自然科学的联合攻关，回答好中华文明起源、形成、发展的基本图景、内在机制以及演进路径等重大问题。